Практически сразу после боя в Чемульпо японцы приступили к подъему «Варяга». Крейсер лежал на грунте, на левом борту, почти по диаметральную плоскость погрузившись в ил. При отливе над водой была видна большая часть его корпуса.

Для проведения работ из Японии привезли специалистов и доставили необходимое оборудование. Подъемом корабля руководил генерал-лейтенант корпуса корабельных инженеров Араи. Обследовав лежащий на дне крейсер, он поразил адмирала контр-адмирала Уриу, сообщив, что его эскадра “целый час не могла утопить безнадежно неисправный корабль”. Далее Араи высказал соображение, что подъем и ремонт крейсера экономически невыгоден. Но Уриу все равно приказал начать подъемные работы. Для него это было делом чести...

Всего над подъемом крейсера трудилось более 300 квалифицированных рабочих и водолазов, а на вспомогательных участках было задействовано до 800 корейских кули. На подъемные работы было израсходовано свыше 1 млн иен.

С корабля сняли паровые котлы и орудия, срубили дымовые трубы, вентиляторы, мачты и другие надстройки. Обнаруженное в каютах имущество офицеров частично передали в местный музей, а личные вещи В.Ф.Руднева были возвращены ему в 1907 году.

Затем японские специалисты соорудили кессон, и с помощью насосов откачав воду, 8 августа 1905 года подняли «Варяг» на поверхность. В ноябре в сопровождении двух пароходов крейсер направился к месту ремонта в Йокосуку.

Капитальный ремонт крейсера, получившего новое имя «Сойя», проходил в 1906-1907 гг. После его завершения внешний вид корабля сильно изменился. Появились новые ходовые мостики, штурманская рубка, дымовые трубы, вентиляторы. Демонтировали марсовые площадки на марсах. Изменилось носовое украшение: японцы водрузили свой неизменный символ – хризантему. Паровые котлы и вооружение корабля остались неизменными.

По окончании ремонта «Сойя» был зачислен в качестве учебного корабля в кадетскую школу. В своей новой роли он прослужил 9 лет. Побывав за это время во многих странах мира.

Тем временем началась Первая мировая война. Россия приступила к формированию флотилии Северного Ледовитого океана, в рамках которой предполагалось создать крейсерскую эскадру. Но кораблей для этого не хватало. Япония, являвшаяся в тот момент союзницей России, после длительных торгов согласилась продать захваченные корабли Первой тихоокеанской эскадры, в том числе и «Варяг».

22 марта 1916 года крейсеру было возвращено его прежнее, легендарное название. А 27 марта во владивостокской бухте Золотой Рог на нем подняли Георгиевский вымпел. После ремонта, 18 июня 1916 года «Варяг» под флагом командующего Отряда судов особого назначения контр-адмирала А.И.Бестужева-Рюмина вышел в открытое море и взял курс на Романов-на-Мурмане (Мурманск). В ноябре крейсер был зачислен в состав Флотилии Северного Ледовитого океана в качестве флагманского корабля.

Но техническое состояние корабля внушало опасения, и в начале 1917 года была достигнута договоренность о его капитальном ремонте на судостроительном заводе в Великобритании. 25 февраля 1917 года «Варяг» навсегда покинул берега России и отправился в свой последний самостоятельный поход.

Переход до Англии прошел без происшествий. 19 марта крейсер стал в док. После тщательного осмотра корабля англичане определили стоимость и продолжительность ремонта – 300 000 фунтов стерлингов и 12 месяцев. При этом они предложили произвести ремонт после войны. Морской министр России приказал командиру «Варяга» оставить корабль под английской охраной, а экипаж отправить в США для приемки тральщиков. В апреле-мая команда начала разъезжаться: 300 человек – в США; остальные, за исключением 11 человек, оставленных для охраны – в Россию.

После Октябрьского переворота в России англичане захватили крейсер в счет долгов царского правительства. Ввиду плохого технического состояния в 1920 году корабль был продан в Германию на металлолом. Во время буксировки «Варяг» сел на камни у берегов Южной Шотландии, недалеко от городка Ленделфут. Часть металлических конструкций была тогда же снята местными жителями. В 1925 году «Варяг» окончательно затонул, найдя на дне Ирландского моря свое последнее пристанище.

До недавнего времени считалось, что останки «Варяга» безнадежно утеряны. Но в 2003 году, в ходе экспедиции под руководством А.Денисова, организованной телеканалом «Россия», удалось отыскать точное место гибели корабля и обнаружить на дне его обломки.